ブログのテンプレートをプラグインを利用して、初期化したときのAtomフィードのid要素を眺めていますと、初期化した日にちがid要素の内容に入っていたようです
Movable TypeのAtomフィードのid要素については、以前 Movable Type 3.x デフォルト・テンプレートのAtomフィードの不具合について にてアナウンスされ、drry+@-> さまのMovable Type のデフォルト Atom フィードテンプレートを駄目出しというエントリで詳しく解説されておりました。
で、MT4では、このid要素は、テンプレート作成日が反映されるようになっています。以下がデフォルトテンプレートからid要素の箇所を抜粋したソースです
<id>tag:<$MTBlogHost exclude_port="1" encode_xml="1"$>,<$MTTemplateCreatedOn format="%Y-%m-%d"$>:<$MTBlogRelativeURL encode_xml="1"$>/<$MTBlogID$></id>
実際のこのブログのAtomフィードで出力されたid要素はこのようなものでした。
<id>tag:www.markdiary.com,2008-02-02:/blog//1</id>
ここで、先般このブログでテンプレートを初期化させたのですが、（idが）そのときの日にちになっているのではないかということに気づいたのです。
これはどういうことかというと、テンプレート初期化で、Atomフィードがこれまでのものと入れ換わり、新たに作成されたということで、id要素が書き換わったということなのではないでしょうか。
テンプレート初期化のたびに、id要素が書き換わるということになると、先に紹介しました不具合につながらないかという疑問が。
これがこれまでのidと同一のidにするためには、あらかじめ差し替え予定のatom.mtmlだけ編集してid要素（/feed/id）の<$MTTemplateCreatedOn format="%Y-%m-%d"$>を今まで出力されていたものに（この場合だと、「2008-02-02」）直書きにしてからテンプレートセットプラグインのディレクトリにアップしたらどうなのだろうかと思った次第。
テンプレートタグ: MTTemplateCreatedOn