はてなブックマークでエントリーページのURIが変更とのこと。既に張られていた旧URI からは全てリダイレクトされるようです。
URI変更については、はてなブックマーク日記の記事を参照します。
「http://」がURIに含まれない形になるということと、rel="canonical"により正規化されたURIを指定、また既存のURIについては永続的にリダイレクトをおこなうようであります。
ということから、Movable Typeでの「↑B」ボタン設置のリンクについてはこれまでどおりで問題はなさそうです。
で、もしこの変更にあわせた形とするのですと、以下のような感じになるかと。テスト用の簡素なものですから運用レヴェルのものではないです。
<ul> <mt:Entries lastn="5"> <li><MTEntryTitle> <a href="http://b.hatena.ne.jp/entry/<$MTEntryPermalink regex_replace="/http:///",""$>" rel="nofollow"> <img src="←「↑B」画像までのパス→" width="16" height="12" alt="このエントリーを含むはてなブックマーク" title="このエントリーを含むはてなブックマーク" /> </a> </li> </mt:Entries> </ul>
例のごとく（？）でregex_replaceによる置換です。スラッシュが続いてヘンテコな感じですが期待どおり（何？）な結果がでます。いちおう、nofollowつきで。
んー、あまりスッキリしないですね。リダイレクトしてくれるというのですから、こちらがわざわざ合わせる必要もないのですけれども。
追記：2013/02/24 http スキームを取り除くグローバルモディファイアをつくりました。
以下のようにつかいます
<a href="http://b.hatena.ne.jp/entry/<$mt:EntryPermalink RemovehttpScheme="1"$>">